V San Juan Nepomuceno bude středisko zdravotní péče přeměněno na okresní nemocnici, v této chvíli ji chybí pouze pavilón pro internace, a již byl vybaven diagnostický pavilón.

Oblastní ústav sociální péče (Instituto de Previsión Social - IPS) má jednu nemocnici ve městě Caazapa a zdravotnická centra v San Juan Nepomuceno.

V roce 1994 bylo v San Juan Nepomuceno čtyřem mladým lidem slabých finančních zdrojů poskytnuto stipendium pro studium medicíny na Kubě. V současné době jeden z absolventů, Dr. Victor Garcete poskytuje péči v lokalitě šestého okresu.