Nejvíce praktikovaným sportem je fotbal, a San Juan Nepomuceno bylo v loňském měsíci květnu fotbalovým svazem Unión del Fútbol del Interior (UFI) prohlášeno nejvýznamnějším městem vnitrozemského fotbalu, a to zejména jako důsledek toho, že zahájení třicátéhotřetího národního meziligového šampionátu se konalo na novém stadionu fotbalové ligy guvernéra Rivery. V současné době je pan Vidal Silva Ibarra předsedou šesté sportovní zóny, jež sdružuje osm různých lig.

Dalším sportem, který úředně se praktikuje, je sálová kopaná; město má také svůj klub ragby, jehož mužstvo soutěží s reprezentanty klubu z Asunciónu. San Juan Nepomuceno je třetím vnitrozemským místem Paraguaye, které má klub ragby.