Bylo založeno na podnět guvernéra Lázara de Rivery, 20. listopadu 1797 a bylo pokřtěno jménem San Juan Nepomuceno. V místě se původně soustřeďovali kočovní indiáni.

San Juan Nepomuceno se nalézá v oblasti značného přírodního bohatství a žije výhradně ze zemědělství a dobytkářství. Nalézá se nedaleko pohoří Ybytyruzu. V místě je důležité regionální vzdělávací centrum.

Město má pevné františkánské kořeny a vždy od čtrnáctého do šestnáctého května se oslavuje svatý patron místa, a to liturgickými obřady, průvody typicky paraguayskými, barvitě pestrými jezdeckými hrami - soutež o prsten, běžecké závody, atd. A také bývá zábavný park pro děti.

Je situováno ve vzdálenosti 249 km od města Asunción, a přístupné po vedlejší asfaltové cestě, která odbočuje ze silnice Blas Garay v okresu Departamento de Caazapa.